固体样品中总有机碳的消解是测定的关键步骤，目的是将固体中的有机碳完全转化为可检测的CO₂或其他含碳气体，常见消解方法有：1）高温燃烧法，适用于各类固体（尤其是难降解有机物），操作简单，适用范围广，但高温可能导致挥发性有机物损失；高盐样品易结垢；2）过硫酸钾氧化法，适用于水溶性有机物及低熔点样品，设备简单，成本低，但对难降解物质效率低；3）紫外-过硫酸钾法，适用于含复杂有机物的固体浸提液，条件温和，减少挥发损失，但反应时间较长。

样品瓶密封性一定要好，保证绝对干净，防止被外部物质污染；禁止用手直接接触样品或容器内壁，装样品时尽量与外界隔离，防止空气污染导致微生物繁殖；样品避免暴露在粉尘、挥发性有机物中，一般来说样品装在两层瓶子中，外层瓶子用于隔离灰尘，测试时内层瓶子倒入仪器就没那么容易被污染。

水中所有无机碳酸盐中的碳叫总无机碳（IC），所有有机物中的碳叫总有机碳（TOC），其总量称为总碳（TC）。 差减法（TC-IC法）：将试样分别导入紫外照射的过硫酸盐反应器和磷酸IC反应器中，使有机化合物和无机碳酸盐分解转化成CO2，CO2被高纯氮气吹出，通过干燥管除湿后依次进入非色散红外检测器（NDIR），利用CO2与TOC间碳含量的比例关系对TC和IC分别定量测定，TC和IC的差值就是TOC，即TC-IC=TOC。 直接法（NPOC）：将试样酸化曝气去除IC后，再注入紫外过硫酸盐反应器中，可直接测出TOC。当试样中存在挥发性有机物时，在曝气过程中可能会被去除。因此这种方式测定的TOC可称为NPOC，即不挥发性有机碳。而一般含挥发性有机物较少的水样，对测定NPOC的影响可忽略不计，即NPOC=TOC。